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如果在铁路12306网站上显示身份证已被注册，可能是由于以下原因导致的。
1、您的身份证可能已经被别人注册过了，在这种情况下，可以联系客服人员核实情况并尝试找回账号，如果无法找回，可以尝试重新注册一个账号，在注册过程中，如果已经注册的身份证信息无法再次注册，系统会提示该证件号已经被注册，此时需要提供正确的身份信息，并联系客服进行申诉。
2、也可能是您的个人信息被泄露了，在这种情况下，建议立即联系相关部门或机构进行咨询和核实，并确保您的个人信息得到保护，也可以尝试联系铁路客服部门，让他们帮助您查明情况并解决问题。
为了避免类似情况的发生，建议加强个人信息的保护意识，避免在不安全的网站或环境下使用个人信息进行注册或登录，在注册账号时，建议使用复杂且不易被猜测的密码，并定期进行密码更换，如果发现自己的个人信息被泄露或账号存在异常，应及时采取措施保护自己的权益，如果确认是别人盗用自己的身份信息注册账号，可以向公安机关报案。